Sytuacje komplikuje fakt, że w stosunku do roku 2018 podatnicy mogą stosować zarówno przepisy obowiązujące do końca 2018 roku, jak i te, które weszły w życie w roku 2019. W związku z tym mogą pojawić się wątpliwości, jakie dokumenty należy wysłać do urzędu skarbowego (CIT/PIT TP czy może TP-R oraz dodatkowo oświadczenie o posiadaniu takiej dokumentacji) i w jakiej formie (papierowej czy elektronicznej). Problemy wynikają z faktu, że zagadnienia te inaczej definiują przepisy obowiązujące do końca roku 2018, a inaczej przepisy które weszły w życie w 2019 roku, a przepisy intertemporalne w tej materii są skomplikowane.
Problem dostrzegło również Ministerstwo Finansów. W wyjaśnieniach z 1 lutego 2019 roku stwierdziło, że uregulowana w art. 44 ust. 2 ustawy zmieniającej możliwość stosowania przepisów do transakcji kontrolowanych realizowanych w roku podatkowym rozpoczynającym się po dniu 31 grudnia 2017 r. nie dotyczy informacji o cenach transferowych (TP-R). Przepisy dotyczące informacji o cenach transferowych stosuje się do lat podatkowych rozpoczynających się po 1 stycznia 2019 roku, a za 2018 rok – niezależnie od dokonanego wyboru stosowania regulacji w zakresie dokumentacji cen transferowych – składane jest uproszczone sprawozdanie na formularzu CIT/TP lub PIT/TP (jeśli na podstawie przepisów obowiązujących w 2018 roku taki obowiązek u podatnika powstał). Co oznacza, że nawet jeśli podatnik wybierze przepisy z roku 2019, to w zakresie formularzy CIT TP/ PIT TP, stosuje przepisy obowiązujące do końca roku 2018. Inaczej jest w przypadku oświadczeń o posiadaniu dokumentacji cen transferowych. W tym przypadku MF w wyjaśnieniach z 18 lipca 2019 roku stwierdziło, że oświadczenie o sporządzeniu lokalnej dokumentacji cen transferowych składa się za pomocą środków komunikacji elektronicznej zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej. W rezultacie, nie jest dopuszczalne składanie oświadczenia w formie papierowej.
