Zmiany w Ordynacji podatkowej w zakresie MDR-ów dotyczą: wprowadzenia obok numeru schematu podatkowego (NSP), numeru zagranicznego schematu podatkowego (NZSP), zmieniono element definicji jednej ze szczególnych cech rozpoznawczych na: odbiorca płatności posiada miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju stosują-cym szkodliwą konkurencję podatkową, wskazanych w aktach wykonawczych wydanych na podstawie przepisów o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz przepisów o podatku dochodowym od osób prawnych oraz w unijnym wykazie jurysdykcji niechętnych współpracy do celów podatkowych przyjmowanym przez Radę Unii Europejskiej. Jednocześnie MF jest zobowiązany do publikacji takiej listy w swoim Dzienniku Urzędowym. Zmianie uległy również zakres informacji składanych w przypadku osób fizycznych. Od teraz, to promotor lub korzystający zlecający wspomagającemu wykonanie czynności pozostających w zakresie jego działania w odniesieniu do schematu podatkowego informują go pisemnie o NSP tego schematu podatkowego, załączając potwierdzenie nadania NSP, najpóźniej w dniu poprzedzającym wykonanie tych czynności. Zmianie uległ także zakres składanych informacji, wezwania w związku z NSP, doręczenia o nadaniu NSP. Obecnie, informację o skorzystaniu ze schematu podatkowego, podpisują: osoba fizyczna - w przypadku podatnika będącego osobą fizyczną, osoba upoważnioną przez przedsiębiorcę zagranicznego do reprezentowania go w oddziale - w przypadku podatnika będącego przedsiębiorcą zagranicznym posiadającym oddział działający w Polsce lub osoba uprawnioną do reprezentacji - w przypadku pozostałych podatników. Ponadto, do części spraw związanych z „MDR-ami” można udzielić pełnomocnictwa szczególnego.
Jednocześnie 1 lipca 2020 roku Minister Finansów opublikował listę „rajów podatkowych” Rady Unii Europejskiej, co do których stosuje się specjalne procedury w ramach MDR-ów. Są to: Republika Fidżi, Guam, Kajmany, Republika Palau, Sułtanat Omanu, Republika Trynidadu i Tobago, Samoa Amerykańskie. Jak widać ta lista różni się od list rajów podatkowych w rozumieniu ustaw o podatkach dochodowych.
Ponadto, zgodnie z specustawami związanymi z COVID-19 terminy związane z MDR0ami nie rozpoczynają się, natomiast rozpoczęte - zostają zawieszone od 31 marca 2020 r. do odwołania stanu zagrożenia epidemicznego i stanu epidemii koronawirusa, jednak nie dłużej niż do 30 czerwca 2020 r. Dotyczy to w szczególności terminów na przekazanie informacji o schemacie podatkowym (MDR-1), informacji korzystającego o schemacie podatkowym (MDR-3) i kwartalnej informacji o udostępnieniu schematu podatkowego standaryzowanego (MDR-4), a także zawiadomienia dotyczącego schematu podatkowego na podstawie art. 86b § 6 oraz art. 86d § 3 i 5 Ordynacji podatkowej (MDR-2). Zasady te odnoszą się zarówno do schematów podatkowych transgranicznych, jak i innych niż transgraniczne (tzw. schematów podatkowych krajowych).
