Nowy plik wymaga od podatnika podania nowych, wcześniej nie wymaganych, informacji, co może powodować liczne problemy praktyczne i w konsekwencji nawet wymóc nowy obieg informacji w firmie. Wypełniając bowiem pola GTU, należy często znać charakter sprzedawanego towaru lub usługi, co często jest niewidoczne na fakturze sprzedażowej. Na przykład, jeśli sprzedawane są towary z pozycji 79-91 z Załącznika 15 (m.in. są to różnego rodzaju odpady i surowce wtórne), wówczas taki dokument sprzedażowy powinien być oznaczony jako GTU_05, podobnie określone metale szlachetne i wyroby z nich wymienione w stosownych Załącznikach 12 i 15 do ustawy o VAT. Często więc właściwe wypełnienie będzie wymagało informacji z działów sprzedaży, czy produkcji.
Oznaczanie usług również może być problematyczne; wg Ministerstwa Finansów sprzedaż alkoholu w restauracji na potrzeby GTU jest usługą restauracyjną (wbrew definicjom z art.41 ust.12f ustawy o VAT) i nie należy tutaj stosować oznaczenia GTU_01. Ponadto, usługi prawne, księgowe, doradztwa powinny być oznaczane w pozycji GTU_12.
Mechanizm podzielonej płatności (MPP) powinien w nowym JPK być wykazywany zarówno po stronie sprzedażowej, jak i zakupowej. Ta druga strona może powodować problemy, ponieważ narzuca na podatnika obowiązek deklarowania MPP w JPK_VAT nawet, gdy na fakturze nie ma stosownego oznaczenia, a podatnik chcąc uniknąć komplikacji i problemów interpretacyjnych opłaca wszystkie faktury powyżej 15 000 zł w systemie MPP.
