Praktyką organów skarbowych jest wszczynanie postępowań karnoskarbowych, tylko po to, ażeby bieg przedawnienia zobowiązania podatkowego został zawieszony. Takiemu instrumentalnemu stosowaniu Ordynacji podatkowej od lat sprzeciwiają się podatnicy, ponieważ pozbawia ona podatnika korzyści z instytucji przedawnienia, a organom skarbowym pozwala na swobodne działanie. NSA w dniu 30 lipca 2020 r. wyrokach (I FSK 128/20 i I FSK 42/20) stwierdził, że taka praktyka organów skarbowych jest niedopuszczalna. W ustnym uzasadnieniu stwierdził, że organy skarbowe nie mają uprawnienia do swobodnego, niczym nieograniczonego wszczynania karnoskarbowych, jedynie w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Każde wszczęcie postępowania karnego skarbowego podlega merytorycznej kontroli instancyjnej i sądowej. Nie jest dopuszczalna stosowana dotychczas praktyka organów podatkowych, która wywołuje korzystne skutki dla aparatu podatkowego (w postaci przerwania biegu przedawnienia) i jednocześnie niekorzystne skutki dla podatnika. NSA nadto stwierdził, że sądy administracyjne powinny przeciwdziałać nadużyciu prawa, nawet gdy dopuszczają się to organy władzy publicznej.
Często bywało tak, że postępowania karne skarbowe wszczęte było tuż przed upływem ustawowego terminu przedawnienia, a następnie nie podejmowano żadnych czynności we wszczętym postępowaniu karnym. Podatnik poinformowany był jedynie o zawieszeniu terminu przedawnienia jego zobowiązania.
